Το σύμπαν είναι ιεραρχικά δομημένο. Στην κορυφή της ιεραρχίας βρίσκεται το Εν ή το Αγαθόν, για το οποίο δεν μπορούμε να πούμε τίποτα, αφού είναι αδύνατη η γνώση του μέσω των αισθήσεων ή και της λογικής. Είναι η ύψιστη θεότητα και η βασική αιτία όλων των όντων. Από το Έν εκπορεύεται, πηγάζει (όπως το φως από τον ήλιο), ο Νους, μέσα στον οποίον υπάρχουν οι Ιδέες, που είναι –όπως και στην πλατωνική φιλοσοφία- τα αιώνια πρότυπα όλων των πραγμάτων. Από το Νου εκπορεύεται η Ψυχή. Η σχέση της Ψυχής με το Νου είναι παρόμοια με τη σχέση του λόγου (ομιλίας) με τη σκέψη. Η Ψυχή διαχέεται σε ολόκληρο τον κόσμο και του προσδίδει αρμονία, περιέχει δε όλες τις ατομικές ψυχές. Οι ατομικές ψυχές ενώνονται με την ύλη, που είναι άμορφη, άσχημη, σε αταξία, ένα μη ον κατά τον Πλωτίνο. Η ύλη παίρνει τη μορφή της από την περιοχή της ψυχής.
Το Εν, ο Νους και η Ψυχή αποτελούν το νοητό, πνευματικό κόσμο, τον κόσμο του φωτός, όπου δεν υπάρχει η έννοια του χώρου και του χρόνου, ενώ ο φυσικός κόσμος, η ύλη δηλαδή ενωμένη με τις ατομικές ψυχές, είναι ο κόσμος του σκότους και υπάρχει μέσα στο χώρο και το χρόνο.
Κάθε κατώτερη βαθμίδα ύπαρξης στρέφεται προς την ανώτερή της και την ενατενίζει· έτσι στο σύμπαν υπάρχει μια διπλή κίνηση: προς τα κάτω (αποχώρηση) και προς τα πάνω (επιστροφή).