Στη νεότερη εποχή σκεπτικισμός θεωρείται το φιλοσοφικό ρεύμα που αμφισβητεί τη δυνατότητα της γνώσης τόσο στη φιλοσοφία όσο και στην επιστήμη. Έτσι ο Ντέιβιντ Χιουμ (1711-1776) αμφισβητεί την ύπαρξη του αντικειμενικού κόσμου και ισχυρίζεται ότι τα θεμέλια της επιστημονικής γνώσης (η ύπαρξη φυσικών νόμων και της αρχής της αιτιότητας) δεν μπορούν να γίνουν αποδεκτά.
Από την άλλη μεριά πολλοί φιλόσοφοι υιοθετούν το μεθοδολογικό σκεπτικισμό, δηλαδή υιοθετούν το σκεπτικισμό μόνο σε μια πρώτη φάση, έτσι ώστε τα συμπεράσματα στα οποία θα φτάσουν να έχουν ελεγχθεί από όλες τις πλευρές. Τέτοιου είδους μεθοδολογικό σκεπτικισμό χρησιμοποίησε ο Ρενέ Ντεκάρτ (1596-1650).